Prognóza
V případě onemocnění klíšťovou encefalitidou je nutná hospitalizace v nemocnici. Ta obvykle trvá dva až tři týdny, ale v některých případech může být i mnohem delší, dokonce i několik let. Průběh onemocnění je tím závažnější, čím vyšší je věk pacienta. Obzvláště rizikovou skupinou jsou lidé ve věku nad šedesát let. U starších lidí se v průběhu onemocnění mohou rozvíjet paralýzy (obrny) svalů a některé případy mohou končit i smrtí.
Bohužel výsledky laboratorních testů nedokáží s velkou spolehlivostí předpovědět, jak bude onemocnění u konkrétního pacienta probíhat. Spíše než hladina protilátek v pacientově krvi je pro předpověd průběhu onemocnění užitečná znalost počtu buněk v mozkomíšním moku, ale ani tento parametr není úplně spolehlivý. Spíše špatnou prognózu znamená nízká hladina protilátek a také vysoký počet buněk v mozkomíšním moku.